• Langue : Français
• Discipline : Pharmacie
• Identifiant : 2024ULILE195
• Type de thèse : Doctorat de pharmacie
• Date de soutenance : 06/09/2024

Résumé en langue originale

Au cours des dernières décennies, l’incidence des infections fongiques invasives (IFI) à levures rares a augmenté, en particulier chez les patients immunodéprimés. En raison des faibles données épidémiologiques, cliniques et biologiques, le diagnostic de ces infections reste difficile. Le diagnostic des IFI à Trichosporon spp. et Rhodotorula spp. est un véritable défi biologique devant l’absence de tests sensibles et spécifiques. L’objectif de cette étude était de développer et d’optimiser deux qPCR spécifiques de Trichosporon spp. et Rhodotorula spp. Des amorces et sondes ont été développées in silico en ciblant initialement les régions 5,8S et ITS, puis les régions 28S et IGS, de l’ARN ribosomique. Des souches fongiques ont été extraites afin d’évaluer les performances analytiques de ces qPCR. Des amplifications aléatoires et non spécifiques ont été détectées au cours des essais de réactions croisées pour la qPCR Trichosporon spp. Malgré la présence d’amplifications aléatoires, la spécificité de la qPCR Rhodotorula spp. ciblant la région 28S a pu être confirmée. L’efficacité et la LoD de cette qPCR étaient respectivement de 96,8 % et de 1 fg/μl. Le coefficient de variation moyen de la répétabilité était de 0,91 %. Les perspectives de l’étude seraient d’identifier la source des amplifications aléatoires et d’étudier l’intérêt de la qPCR Rhodotorula spp. sur des échantillons cliniques tels que des prélèvements cutanéo-phanériens ou des prélèvements profonds (sang, biopsie, …).