Université Lille 2 Droit et Santé Génotypage de résistance du VIH-1 chez les patients naïfs : apport du séquençage de l’ADN par méthode Sanger et de l’ARN par séquençage haut débit VIH génotypage séquençage Sanger NGS naïf protéase RT intégrase mutations de résistance 610 VIH (virus) Thèses et écrits académiques Inhibiteurs de l'intégrase du VIH Thèses et écrits académiques Mutation (biologie)? Thèses et écrits académiques Variabilité génétique Thèses et écrits académiques Résistance aux antirétroviraux Thèses et écrits académiques VIH-1 (Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1) Dissertations universitaires Variation génétique Dissertations universitaires Résistance virale aux médicaments? Dissertations universitaires Inhibiteurs de l'intégrase du VIH Dissertations universitaires Inhibiteurs de fusion du VIH Dissertations universitaires Inhibiteurs de protéase du VIH Dissertations universitaires La méthode de référence de génotypage de résistance chez les patients VIH-1 est le séquençage de l’ARN plasmatique par méthode Sanger. Cette méthode est limitée par son incapacité à détecter les mutations de résistance ayant une prévalence inférieure à 20%. Nous avons comparé le séquençage Sanger sur ADN et le séquençage à haut débit (NGS) sur ARN à la technique de référence pour le génotypage de résistance du VIH-1 chez les patients naïfs. Méthode : Le séquençage Sanger a été réalisé selon les recommandations de l’ANRS. Le kit « HIV-1 Drug Resistance Assay – v3 » sur le 454 GS Junior a été utilisé pour le séquençage NGS (Roche). Les mutations de résistance ont été analysées en accord avec la liste de l’IAS 2015. Les algorithmes ANRS, Rega et Standford ont été utilisés pour l’interprétation de la résistance. Résultats : Sur 54 patients inclus dans cette étude ; le nombre de patients ayant au moins une mutation majeure est 3, 5, 5, 10 et 20 ; respectivement avec les techniques Sanger ARN, Sanger ADN, NGS 20%, NGS 5% et NGS 1%. De très nombreuses mutations mineures ont été retrouvées chez ces patients, particulièrement sur le gène de la protéase. Une bonne concordance a été retrouvée entre le séquençage Sanger ARN et ADN et le NGS 20% malgré quelques discordances. Les mutations minoritaires detectées n’ont pas eu d’impact sur l’issue à court terme du traitement antirétroviral. Conclusion : Le séquençage Sanger de l’ADN n’améliore pas la détection des mutations associées à la résistance, contrairement au NGS. Cependant, la pertinence clinique des mutations minoritaires en NGS doit encore faire l’objet d’autres investigations. ... Electronic Thesis or Dissertation Text Image fr application/pdf 1 : 0 Ko https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Pharma/2017/2017LIL2E087.pdf Deldalle Joséphine 1990-05-16 FR 220293422 2903 2017LIL2E087 2017-04-07 Pharmacie. Biologie médicale Université Lille 2 Droit et Santé thesis.degree.grantor_1 026404389 Doctorat de pharmacie non oui Alidjinou Enagnon Kazali intervenant_1 199210632 ddc:610 Alidjinou Enagnon Kazali Université Lille 2 Droit et Santé Université Lille 2 Droit et Santé ASCII PDF 1