• Langue : Français
• Discipline : Pharmacie. Biologie médicale
• Identifiant : 2015LIL2E046
• Type de thèse : Doctorat de pharmacie
• Date de soutenance : 21/04/2015

Résumé en langue originale

Contexte : La BPCO est une pathologie respiratoire chronique qui pourrait devenir la troisième cause de mortalité d’ici 2020. Son évolution est caractérisée par des épisodes d’exacerbation dont l’origine peut être infectieuse, bactérienne et/ou virale mais le rôle des infections fongiques est peu documenté. Les patients BPCO constituent un groupe à risque de colonisation par Aspergillus fumigatus et d’API, et l’impact de l’isolement d’A. fumigatus dans leurs expectorations n’est pas clairement établi. Ils bénéficient rarement d’un traitement par antifongiques azolés et sont dits « naïfs ». L’émergence de la résistance aux azolés chez A. fumigatus ayant été rapportée chez des patients traités par azolés mais aussi chez des patients « naïfs » ainsi que dans l’environnement, elle serait liée à l’utilisation de fongicides azolés en agriculture. Le risque d’apparition d’isolats résistants aux azolés est donc réel chez les patients « naïfs » atteints de BPCO. Le principal mécanisme de résistance implique des mutations et/ou la surexpression du gène cible des azolés cyp51A. Notre étude vise, d’une part, à déterminer la prévalence de colonisation par A. fumigatus et le niveau d’exposition à A. fumigatus dans l’environnement domestique afin d’évaluer le rôle de l’exposition fongique dans la colonisation. D’autre part, nous avons caractérisé les phénomènes de résistance aux azolés dans les isolats cliniques et environnementaux d’A. fumigatus dans cette population de patients « naïfs » atteints de BPCO, afin d’étudier la circulation de ces isolats entre les réservoirs cliniques et environnementaux. Méthode : Les prélèvements respiratoires de patients atteints de BPCO admis au CHRU de Lille pour un épisode d’exacerbation ont été collectés prospectivement entre août 2011 et juillet 2014 pour la recherche de la colonisation par A. fumigatus par culture et qPCR. Pour chaque patient, le niveau d’exposition domestique fongique a été mesuré par culture et qPCR (panfongique, Aspergillus et A. fumigatus) en utilisant un capteur à poussières exposé 10 semaines au domicile du patient. Après confirmation de l’identification phénotypique et moléculaire par séquençage des régions ITS et du gène de la ß-tubuline des isolats cliniques et environnementaux d’A. fumigatus, le séquençage du gène cyp51A a été réalisé afin de détecter les mutations associées à une résistance aux azolés. Enfin, la détection directe par qPCR de la mutation TR34/L98H a été mise au point à partir des isolats et testée sur les capteurs à poussières. Résultats : 41 patients ont été inclus et 36 capteurs à poussières ont été récupérés. La présence d’A. fumigatus a été détectée chez 15 patients par culture et/ou qPCR soit une prévalence de colonisation de 38,5%. A. fumigatus a été détecté dans 15/36 capteurs par culture (41.7%), correspondant à 5 patients colonisés et 10 patients non colonisés par A. fumigatus. Nous n’avons pas pu mettre en évidence de lien entre exposition environnementale (mesurée par culture ou qPCR) et colonisation. L’identification d’A. fumigatus a été confirmée pour les 68 isolats cliniques et les 48 isolats environnementaux obtenus, et aucune autre espèce de la section Fumigati n’a été isolée. Le séquençage cyp51A a permis de détecter 5 profils de mutations : les 5 mutations F46Y, M172V, N248T, D255E, E427K, les 3 mutations F46Y, M172V, E427K, la mutation A284T, la mutation H285Y jamais décrite, et la mutation TR34/L98H détectée dans 2 isolats environnementaux sur 48 (4,2%) chez 2 patients différents, soit une prévalence de la mutation TR34/L98H de 5,6% dans l’environnement domestique de notre population, et de 13,3% en fonction des capteurs positifs à A. fumigatus. Il s’agit de la première description d’isolats portant la mutation TR34/L98H dans le Nord-Pas de Calais. Sa présence dans des isolats environnementaux semble confirmer son origine environnementale...[ ]

Résumé traduit

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