• Langue : Français
• Discipline : Médecine. Biologie Médicale
• Identifiant : 2025ULILM249
• Type de thèse : Doctorat de médecine
• Date de soutenance : 24/09/2025

Résumé en langue originale

Contexte : Les fibres alimentaires modifient la composition et les fonctions du microbiote intestinal, favorisent certaines espèces commensales et participent à l’homéostasie colique. Des travaux précliniques menés par notre laboratoire ont montré l’impact positif de la supplémentation en acide gras à chaine courte sur l’axe intestin-poumon dans un modèle murin. Afin de transposer cette approche en réanimation, nous avons développé et validé un protocole de séquençage 16S par nanopore. Méthode : Dans un modèle murin, des selles ont été séquencées avec deux types de cellules de flux ONT (MinION et Flongle). En réanimation, trois séries d’échantillons humains ont été analysées : deux séries d’écouvillons rectaux (protocole initial) et une série de selles (protocole optimisé). Résultats : Chez la souris, Flongle génère moins de lectures que MinION, mais conserve des profils d’abondance et des indices de diversité concordants, suffisants pour une cartographie taxonomique fiable. Chez l’Homme, l’écouvillonnage rectal génère une profondeur souvent insuffisante, alors que les prélèvements de selles couplés au protocole optimisé délivrent un signal exploitable et cohérent. Conclusion : Le séquençage 16S par Nanopore est faisable et informatif en réanimation. Les selles constituent la matrice préférentielle. Flongle suffit pour une première approche, mais MinION est recommandé pour les études prospectives afin d’augmenter la profondeur et la robustesse des analyses.