• Langue : Français
• Discipline : Médecine. Biologie Médicale
• Identifiant : 2024ULILM136
• Type de thèse : Doctorat de médecine
• Date de soutenance : 07/06/2024

Résumé en langue originale

Contexte : Les interférons (IFN) de type 1 sont essentiels pour le développement du système immunitaire et pour l’élimination des cellules infectées par des virus. Cependant, une augmentation d’IFN chronique et inadaptée peut être délétère et aboutir à un phénotype d’interféronopathie. La signature interféron est un score basé sur la quantification des ARNm issus de la transcription de gènes stimulés par les interférons (ISG). La technologie Nanostring permet une quantification directe sans étape de rétro transcription ni d’amplification, adaptée à l’activité en routine d’un laboratoire hospitalier. La signature interféron est une aide au diagnostic, au suivi, et même au pronostic de certaines interféronopathies. En France, ce dosage n’était réalisé jusqu’ici qu’au CHU de Lyon. Face à des prescriptions croissantes, l’objectif de ce travail était la mise au point de l’étude de la signature interféron par technologie Nanostring à l’Institut d’Immunologie du CHU de Lille. Méthode : Ce travail s’intéresse aux actions menées par le laboratoire dans le cadre de la mise au point de la technique aux phases pré-analytique, analytique et post-analytique. La méthode comprend le protocole d’extraction manuelle d’ARN sur tube PAXgene avec le PAXgene® Blood RNA kit, la mesure de la quantité et la qualité des ARN extraits sur Nanodrop, l’analyse des échantillons par l’automate nCounter, le calcul du score IFN ainsi que les règles de validation biologique. Nous avons comparé nos résultats avec ceux de Lyon pour choisir différents paramètres d’analyse. Résultat : Nous avons choisi d’utiliser le tube PAXgene, la normalisation individuelle et les témoins Lyonnais pour le calcul du score interféron. En comparant nos scores avec ceux de Lyon dans ces conditions d’analyse, nous obtenons un coefficient de corrélation de Spearman égal à 1, qui est statistiquement significatif. La réalisation de la signature interféron en routine au CHU de Lille a débuté en novembre 2023. Sur les 6 premiers mois, 356 résultats ont été rendus. Conclusion : Le défi de la mise en place de l’étude par technologie Nanostring a été relevé avec succès par l’Institut d’Immunologie du CHU de Lille. La technologie apportée permet de répondre aux demandes et permet l’ouverture de nouvelles perspectives pour le laboratoire.