Titre original :

Complémentarité des approches bio-informatiques en séquençage d’exome pour la détection des variations de structure : implications sur les taux de diagnostics dans une cohorte de patients porteurs d’anomalies du neurodéveloppement

Mots-clés en français :
  • Variation de structure 
  • exome 
  • CNV 
  • SV DRAGEN 
  • CNV DRAGEN 
  • ROH DRAGEN

  • Suivi de cohortes de malades
  • Séquençage à haut débit
  • Séquençage de l'exome entier
  • Troubles du développement neurologique
  • Études de cohortes
  • Langue : Français
  • Discipline : Pharmacie
  • Identifiant : 2022ULILE084
  • Type de thèse : Doctorat de pharmacie
  • Date de soutenance : 14/09/2022

Résumé en langue originale

Contexte : L’identification des variations de structures (SV) est essentielle pour l’interprétation des données de séquençages pangénomiques mais est historiquement un sujet complexe. Les SV sont extrêmement variés, >50pb à plusieurs mégabases. Ils sont présents dans le génome humain, affectent les fonctions cellulaires et moléculaires, les fonctions de régulation, les structures 3D et la machinerie transcriptionnelle. Leur détection est un enjeu majeur de la génétique actuelle, autant sur le plan de la connaissance du génome, de ses structures, qu’en pathologie humaine. De multiples stratégies ont émergé pour améliorer la détection des SV, notamment en exome : utilisation d’algorithmes couplés au séquençage haut débit, seul ou en association pour plus de performance, le séquençage troisième génération avec les Long Reads et la cartographie optique. Méthode : Sur les données d’exome, nous avons évalué 3 approches bio-informatiques pour la détection de SV : CNV DRAGEN, SV DRAGEN et ROH DRAGEN. Nous avons mesuré leur impact sur l’apport diagnostic à l’Institut de Génétique Médicale du CHU de Lille sur une cohorte de patients porteurs de troubles du neurodéveloppement de Septembre 2020 à Mars 2022. Résultats : La complémentarité de ces approches et leurs limites ont ainsi pu être identifiés : CNV DRAGEN trouve avec une grande efficacité les CNV/SV de plus de 500pb alors que SV DRAGEN à partir de 50pb. Cependant, la couverture fragmentée et partielle de l’exome ne permet pas une utilisation optimale de ces pipelines. Conclusion : L’utilisation de CNV DRAGEN aura permis de faire 8 diagnostics supplémentaires et SV DRAGEN 2, sur 600 patients, soit un apport diagnostic de 1,7%.

  • Directeur(s) de thèse : Smol, Thomas

AUTEUR

  • Planté-Bordeneuve, Pauline
Droits d'auteur : Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.
Accès libre