Université de Lille Génotypage de résistance du VIH-1 dans l’ADN proviral : variabilité dans un même prélèvement VIH-1 ADN proviral Quantification Génotypage de résistance Mutations Variabilité Séquençage haut débit 610 VIH (virus) Mutation (biologie) Variabilité génétique VIH-1 (Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1) Dissertation universitaire Variation génétique Dissertation universitaire Le test génotypique de résistance sur l’ADN proviral du VIH-1 peut être utile lors d’un changement ou d’une simplification de traitement chez des patients virologiquement contrôlés. Nous avons analysé la variabilité des données de génotypage de résistance sur l’ADN VIH-1 en comparant plusieurs échantillons issus d’un même prélèvement. Méthode : La quantification de l’ADN du VIH-1 a été réalisée avec trousse Generic HIV DNA CELL (Biocentric). Le séquençage de nouvelle génération (NGS) sur l’ADN proviral du VIH-1 a été effectué sur la chaine Sentosa® (Vela Diagnostics) avec le Kit Sentosa SQ HIV genotyping. Les mutations de résistance du VIH-1 aux principaux antirétroviraux ont été interprétées en utilisant l’algorithme de l’ANRS (v30). Résultats : Au total, 60 échantillons provenant de 12 patients (12 prélèvements) ont été analysés à raison de 5 échantillons par patient. Un coefficient de variation (CV) allant de 23 à 89% a été observé pour la charge virale ADN VIH-1 dans un même prélèvement. Un séquençage optimal a été obtenu pour 49 échantillons. A un seuil de 20%, et en considérant l’ensemble des échantillons, le nombre de patients possédant au moins une mutation était de 8, 11 et 5 respectivement au niveau du gène de transcriptase inverse, de la protéase et de l’intégrase. Des discordances entre les différents échantillons d’un même patient ont été observées pour 5, 3 et 3 patients au niveau de ces 3 régions. De même, en prenant en compte l’ensemble des échantillons, le nombre de patients avec une résistance (ou résistance possible) à au moins une molécule était respectivement de 4, 6, 6 et 2 pour les INTI, les INNTI, les IP et les INI. Des discordances dans l’interprétation pour ces différentes régions ont été observées chez 3, 3, 2, et 2 patients. Plusieurs discordances majeures sont dues à la présence de mutations associées à des virus défectifs. Conclusion : Des discordances significatives en termes de mutations de résistance peuvent être observées dans l’analyse de plusieurs échantillons issus du même prélèvement chez certains patients. Ces différences peuvent influencer les choix thérapeutiques, même si des études sont encore nécessaires pour déterminer l’impact de ces mutations présentes dans l’ADN VIH-1. ... Electronic Thesis or Dissertation Text fr application/pdf 1 : 0 Ko https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Pharma/2020/2020LILUE135.pdf Millière Laurine 1992-04-13 FR 257160728 2903 2020LILUE135 2020-10-23 Pharmacie. Biologie médicale Université de Lille thesis.degree.grantor_1 223446556 Doctorat de pharmacie non oui Alidjinou Enagnon Kazali intervenant_1 199210632 ddc:610 Alidjinou Enagnon Kazali Université de Lille Université de Lille ASCII PDF 1