Titre original :

Algorithmes de compression et applications à l'analyse de séquences génétiques

  • Langue : Français
  • Discipline : Informatique
  • Identifiant : Inconnu
  • Type de thèse : Doctorat
  • Date de soutenance : 01-01-1996

Résumé en langue originale

L'ETUDE GENETIQUE DES ORGANISMES EST UN CHAMP D'EXPLORATION ACTIF EN BIOLOGIE. LES PROGRAMMES DE SEQUENCAGE DE GENOMES APPORTENT UNE QUANTITE ENORME DE DONNEES BRUTES AU BIOLOGISTE, SOUS LA FORME DE SEQUENCES D'ADN QUI SONT DES TEXTES SUR UN ALPHABET A QUATRE LETTRES. POUR OBTENIR UNE COMPREHENSION PROFONDE DE LEUR CONTENU, LE BIOLOGISTE A BESOIN DE METHODES D'ANALYSE DES SEQUENCES. NOUS NOUS PLACONS DANS LE CADRE DE LA COMPLEXITE DE KOLMOGOROV. LA COMPLEXITE DE KOLMOGOROV D'UNE SEQUENCE EST LA LONGUEUR DE SA FORME LA PLUS COMPRESSEE. L'IDEE EST QUE LA COMPRESSION EST LIEE A LA COMPREHENSION. UN ALGORITHME DE COMPRESSION EXPLOITE UNE PROPRIETE POUR COMPRIMER UN OBJET. PLUS ON COMPRESSE LA DESCRIPTION D'UN OBJET, PLUS LA PROPRIETE EST PERTINENTE POUR L'OBJET EN QUESTION. DANS CET OPTIQUE, NOUS AVONS CONCU DES ALGORITHMES DE COMPRESSION ADAPTES AUX SEQUENCES GENETIQUES QUI PERMETTENT: ? LA RECHERCHE ET L'EXPLOITATION DE REGULARITES REPARTIES SUR UNE LONGUE SEQUENCE (TELLES QUE DES REPETITIONS) ; ? LA LOCALISATION DE REPETITIONS EN TANDEM D'UN PETIT MOTIF POUR LA DETECTION DE ZONES DE FAIBLE COMPLEXITE, QUE LES BIOLOGISTES APPELLENT LE DOS-DNA. L'ETUDE DE LA NATURE ET DE LA REPARTITION DE DOS-DNA A PERMIS D'IDENTIFIER UNE PROPRIETE CONSTANTE DANS L'ORGANISATION CHROMOSOMIQUE DE LA LEVURE. UNE DERNIERE PARTIE DE NOTRE TRAVAIL VISE A DEFINIR UNE NOTION EFFECTIVE DE REPRESENTATION OPTIMALE SOUS UNE CONDITION DE STRUCTURE. NOUS COMPARONS NOTRE DEFINITION A D'AUTRES APPROCHES EXISTANTES, PUIS NOUS MONTRONS SA ROBUSTESSE ET SON APPLICABILITE SUR DES EXEMPLES DE FORMES NATURELLES

AUTEUR

  • Rivals, Eric
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