Université Lille1 - Sciences et Technologies Le champ de forces SPASIBA de phospholipides : sa paramétrisation et son application à des simulations de dynamique moléculaire d'un modèle de biomembrane The SPASIBA force field for phospholipids 572.57 Simulation, Méthodes de Membranes (biologie) Dynamique moléculaire Phospholipides Text Electronic Thesis or Dissertation fr Plusieurs techniques expérimentales ont été employées afin d'étudier la structure, fonction et dynamique des biomembranes. Cependant, souvent, il est très difficile voire impossible d'obtenir expérimentalement des détails au niveau moléculaire sur ces édifices. Il convient donc de rechercher toute méthode pouvant servir de pont entre les observations expérimentales macroscopiques et celles dérivées microscopiquement. Les méthodes empiriques de simulation semblent à l'heure actuelle un bon compromis pour l'étude des systèmes macromoléculaires. Les fondements de ces méthodes résident dans la connaissance de la fonction énergie potentielle moléculaire empirique. Contrairement aux protéines et aux acides nucléiques (on peut même ajouter les sucres), il n'existe aucun modèle de cette fonction adapte aux phospholipides. C'est le but du présent travail réalisé sur la base de la fonction énergie potentielle empirique SPASIBA développée au laboratoire. Nous avons donc paramétré cette fonction énergie potentielle empirique pour les acides carboxyliques, les alcènes, les composés contenant le groupement phosphate et la choline qui forment les différentes parties d'un phospholipide. Plus particulièrement, dans notre démarche, la reproduction des fréquences vibrationnelles a représenté une partie fondamentale pour la paramétrisation de la fonction énergie potentielle SPASIBA. Afin de tester la fiabilité de cette fonction et de ses paramètres, nous avons simulé une bicouche hydratée de phospholipides (24 DMPC + 284 H2O) pendant 500 ps. application/pdf 1 : 1 Mo https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1995/50376-1995-121.pdf Chhiba Mostafa 1900-01-01 118875116 1995LIL10074 1995-01-01 Sciences des matériaux Université Lille1 - Sciences et Technologies 026404184 Doctorat non oui ddc:570 ASCII PDF 9999