Titre original :

Compter les globules blancs, analyser les partitions

Titre traduit :

Counting white blood cells, analyzing music scores

Mots-clés en français :
  • Recombinaison V(D)J

  • Immunoinformatique
  • Lymphocytes
  • Recombinaison génétique
  • Informatique musicale
  • Partitions
  • Algorithmes
  • Langue : Français
  • Discipline : Informatique
  • Identifiant : Inconnu
  • Type de mémoire : Habilitation à diriger des recherches
  • Date de soutenance : 30-03-2016

Résumé en langue originale

Comparer, et plus généralement traiter, analyser ou indexer les séquences de caractères constitue le champ de recherche de l’algorithmique du texte. Chercheur CNRS en informatique depuis fin 2006 dans le laboratoire LIFL, maintenant CRIStAL (UMR 9189, Université de Lille), Mathieu Giraud a eu son parcours académique rythmé par les comparaisons de séquences. Cette habilitation à diriger des recherches décrit les deux projets dans lesquels il s’est investi les cinq dernières années. Au sein de l’équipe Bonsai, commune avec le centre Inria Lille, Mathieu mène avec Mikaël Salson un projet de bioinformatique appliqué à l’hématologie et l’immunologie sur l’analyse des populations de lymphocytes par leurs recombinaisons V(D)J (« Compter les globules blancs »). Débuté par une collaboration avec des collègues bioinformaticiens et hématologues de l’hôpital de Lille, ce projet combine algorithmique pour l’immunologie et l’hématologie, développement logiciel et applications fondamentales et cliniques. Le logiciel Vidjil conçu par Mathieu et ses collègues est utilisé régulièrement par plusieurs laboratoires en France et à l’étranger, dont, en situation de routine, à l’hôpital de Lille. Mathieu dirige aussi un projet d’informatique musicale (« Analyser les partitions »). Les humanités numériques lient les méthodes informatiques au patrimoine culturel et à la recherche en sciences humaines et sociales. Est-ce qu’un ordinateur peut comprendre la musique? L’équipe émergente Algomus, répartie entre les laboratoires MIS (Amiens, Univ. Picardie Jules Verne) et CRIStAL, rassemble expertise musicologique et compétences algorithmiques pour proposer des méthodes analysant les partitions musicales – comparaison de motifs et d’accords, détection de textures, analyse de formes. Algomus mène des collaborations pluridisciplinaires avec des musicologues, des professeurs de musique et des artistes et réalise des projets combinant science et art. Cette habilitation se conclut par la description d’actions de médiation scientifique et artistique.

Résumé traduit

Research in text algorithmics focuses on comparing, analyzing, handling or indexing sequences of characters. Working since 2016 as a CNRS researcher in computer science in the LIFL laboratory, now CRIStAL (UMR 9189, Université de Lille), Mathieu Giraud plays with sequence comparisons. This habilitation thesis focuses on two projects he worked on the last five years. In the Bonsai team, joint with Inria, Mathieu leads with Mikaël Salson a project on bioinformatics applied to hematology and immunology on the analysis of lymphocytes through their V(D)J recombinations (« Counting white blood cells »). This project, started by a collaboration with bioinformaticians and hematologists in the Lille hospital, combines research in algorithmics for immunology and hematology, software engineering and fundamental and clinical applications. The Vidjil software developed by Mathieu and his colleagues is now used by several labs in France and worldwide, sometimes in a routine hospital practice as in the Lille hospital. Mathieu also leads a projet on computer music (« Analyzing music scores »). Digital humanities link computational methods to cultural heritage and humanities research. Can computers understand music? The Algomus emergent team, shared between the CRIStAL and the MIS (Université de Picardie Jules Verne, Amiens) labs, combines musicological knowledge and computer science methods to propose algorithms analyzing music scores – with focus on patterns, chords and chord progressions, music texture and high-level structure of music. Algomus collaborates with music theorists, music teachers and artists, and contributes to science and art projects. This thesis concludes by the description of some popular science events.

  • Directeur(s) de thèse : Touzet, Hélène
  • Laboratoire : Centre de recherche en informatique, signal et automatique de Lille (CRIStAL)
  • École doctorale : École doctorale Sciences pour l'Ingénieur (Lille)

AUTEUR

  • Giraud, Mathieu
Droits d'auteur : Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.
Accès libre