• Langue : Français
• Discipline : Biologie
• Identifiant : Inconnu
• Type de mémoire : Habilitation à diriger des recherches
• Date de soutenance : 06/06/2016

Résumé en langue originale

Notre thématique de recherche porte sur l’étude de la régulation de virulence chez Bordetella pertussis (l’agent responsable de la coqueluche). Ce projet a débuté au début des années 2000 par la mise au point et l’utilisation de le première puce à ADN pour ce pathogène. Cet outil nous a permis d’étudier précisément le régulon du régulateur principal de la virulence, BvgA. Nous avons ensuite comparé les caractéristiques génomiques de différentes souches de Bordetelles et isolats de Bordetella pertussis afin de mettre en relation les phénotypes de virulence et les caractéristiques géniques. Enfin, nous nous concentrons ces dernières années sur les voies de régulation moins classiques, notamment nous développons l’étude des petits ARNs non-codants et leurs potentielles implications dans la régulation des facteurs de virulence. Nous avons, tout d’abord, établi une première liste d’identification de petits ARNs chez les Bordetelles, puis nous avons étudié l’implication de ces petits ARN non codants dans la virulence en caractérisant un mutant Hfq et en étudiant son comportement in vitro et in vivo. Un des petits ARNs, BprC, est antisens du 5’UTR de bvgA le gène codant pour le facteur de transcription majeur de la virulence. L’implication de BprC sur la régulation de la transcription ou de la traduction de bvgA ainsi que son mode d’action sont en cours d’étude. Enfin, une définition complète du transcriptome primaire incluant une liste exhaustive de petits ARNs non-codants chez Bordetella pertussis est actuellement finalisée par des approches de RNA-seq profond et de ‘differential RNA-seq’. La liste des candidats de petits ARNs non-codants est en cours de validation et la fonction et mode d’action des plus intéressants seront étudiés dans le cadre de la régulation de la virulence.

Résumé traduit

Our team develop a research activity on the virulence regulation in Bordetella pertussis, the causative agent of whooping cough. This research project started back in early 2000 by the development of the first microarray for this pathogen. This molecular tool allow us to precisely decipher the regulon of the main virulence regulator in the cell, BvgA. We then compared the genomic characteristics of different strain and isolates of Bordetella pertussis in order to associate observed phenotypes of virulence and genetic characteristics. These last few years we have focused our efforts on the study of non-classical pathways of regulation, namely the description and understanding of the actions of small non-coding RNA in the bordetelles and their potential implication in the regulation of virulence factors. We first determined a primary list of identified small RNA in bordetelles, then we studied the implication of these small RNA in the virulence by analyzing the transcriptome of a delta-Hfq mutant and by studying its behavior in vitro and in vivo. One of the detected small RNA, BprC, is antisense of the 5‘UTR of bvgA gene coding for the major transcription factor of virulence regulation. The implication of BprC on the transcription or translation regulation of bvgA as well as its mode of action are currently under study. Finally, a study of Bordetella pertussis whole primary transcriptome including an exhaustive list of small non-coding RNAs is currently under progress using approaches such as deep RNA-seq and differential RNA-seq. The obtained list of small non-coding RNA is under validation and the mode of action of the most interesting candidates will be studied in the context of virulence regulation.