Université Lille1 - Sciences et Technologies Approches de la modélisation en biologie par langages de programmation concurrente Concurrent Programming Languages Approaches to Biological Modeling Programmation concurrente Effet de communauté 003.3 Systèmes biologiques Modèles mathématiques Pi-calcul Processus stochastiques Transcription génétique Modèles mathématiques Langages de programmation -- Sémantique Cellules -- Compartimentation Modèles mathématiques Dans ce mémoire sont présentés les principaux travaux que j’ai réalisés depuis la fin de ma thèse. Ceux-ci portent sur le développement, par des méthodes formelles, de langages de programmation concurrente dédiée à la modélisation en biologie. En particulier, ce sont le traitement des aspects stochastiques et la représentation de la structure spatiale de l’environnement biologique qui sont principalement abordés. Des extensions du ?-calcul stochastique ont d’abord été proposés pour, non seulement améliorer la convivialité du langage dans la pratique de modélisation, mais aussi pour exprimer de façon uniforme les notions de compartiments cellulaires et de phénomènes de diffusions moléculaires. Ces concepts ont ensuite été utilisés pour concevoir le nouveau langage à base de règles React(C). Plus proche de l’intuition biologique, React(C) nous a permis de réconcilier l’expressivité des approches object-centrées à la pi-calcul et les approches inspirées des réactions chimiques. Deux cas d’étude de modélisation biologique ont en particulier émaillé et inspiré ces travaux : la modélisation de l’atténuation de la transcription de l’opéron tryptophane, et celle de l’effet de communauté. Electronic Thesis or Dissertation Text fr en application/pdf 1 : 3978 Ko https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/HDR/2013/HDR2013LIL129.pdf Lhoussaine Cédric 1974-05-12 FR 074696475 2013-12-13 Informatique Université Lille1 - Sciences et Technologies thesis.degree.grantor_1 026404184 HDR non oui Niehren? Joachim intervenant_1 140813055 ecoleDoctorale_1 Laboratoire d'informatique fondamentale de Lille (LIFL) partenaireRecherche_1 077703553 ddc:004 Niehren? Joachim Université Lille1 - Sciences et Technologies Université Lille1 - Sciences et Technologies Laboratoire d'informatique fondamentale de Lille (LIFL) ASCII PDF 4073123