Titre original :

Approches bioinformatique et moléculaire pour l'obtention et la caractérisation de peptides synthétisés par un mécanisme non-ribosomial

Mots-clés en français :
  • Synthèse non ribosomiale Pyoverdines

  • Complexes multienzymatiques
  • Peptides
  • Antibiotiques peptidiques
  • Lipopeptides
  • Bacillus subtilis
  • Sidérophores
  • Enzymes à fer
  • Pseudomonas aeruginosa
  • Peptides
  • Langue : Français
  • Discipline : Sciences naturelles
  • Identifiant : Inconnu
  • Type de mémoire : Habilitation à diriger des recherches
  • Date de soutenance : 01-01-2010

Résumé en langue originale

Les travaux présentés dans ce mémoire sont principalement focalisés sur la synthèse peptidique non-ribosomiale. Il s’agit d’une voie de synthèse réalisée chez les microorganismes par des complexes enzymatiques appelés NRPS pour Non Ribosomal Peptide Synthetases et qui est source d’une multitude de composés présentant des structures et des activités remarquables et pouvant trouver des applications dans divers secteurs (médical, cosmétique, agro-alimentaire ou phytosanitaire). Un premier chapitre présente les résultats obtenus sur l’analyse des activités et de la biosynthèse de lipopeptides produits par Bacillus subtilis et des pyoverdines sécrétées par Pseudomonas aeruginosa. Des souches ont été manipulées génétiquement afin d’obtenir une synthèse sélective, des quantités plus importantes de produits, ou des molécules modifiées. Les activités des souches générées ont été analysées, plus particulièrement celles en relation avec les applications phytosanitaires. La seconde partie se rapporte à la mise en place d’une stratégie visant la découverte de nouveaux peptides non-ribosomiaux (NRPs), basée sur des prédictions de structures établies à partir de l’analyse des séquences protéiques des synthétases. Afin d’optimiser les prédictions, nous avons élaboré une plate-forme bioinformatique dédiée aux NRPs (NORINE, disponible à l’adresse http://bioinfo.lifl.fr/norine/), qui contient une base de données et des outils permettant de comparer les motifs structuraux des NRPs. Ces outils ont alors été utilisés pour mettre en évidence la production de nouveaux peptides prédits à partir des séquences génomiques de divers organismes, essentiellement des lipopeptides et des sidérophores dont la biosynthèse et les activités ont été étudiées.

  • Directeur(s) de thèse : Jacques, Philippe

AUTEUR

  • Leclere, Valérie
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