Université Lille1 - Sciences et Technologies Protéomique : développements méthodologiques en spectrométrie de masse haute résolution et en électrophorèse apports à l'analyse des matériaux du patrimoine, des protéines plasmatiques et à différentes classes de protéines dans le cadre de projets collaboratifs 547.75 Protéines Analyse Protéines Séparation Protéines Identification Protéines plasmatiques Glycoconjugués Biomolécules Analyse Triglycérides Spectroscopie de masse Électrophorèse sur gel Protéines végétales Chimie en archéologie D’orientation méthodologique, les travaux présentés dans ce manuscrit concernent principalement l’analyse des protéines ou des peptides d'échantillons biologiques natifs ou transformés par spectrométrie de masse FT-ICR (Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance) de très haute résolution. Ces études d’intérêt structural, mettent également à contribution les potentialités séparatives de l'électrophorèse mono ou bidimensionnelles et de la chromatographie liquide ainsi que les capacités d'intégration et de traitement des données offertes par l'outil bioinformatique. Ces travaux résultent à la fois de développements méthodologiques propres effectués au laboratoire et d’applications analytiques issues de plusieurs collaborations indépendantes. Ils m’ont permis d’explorer les différentes difficultés rencontrées lors des étapes clés de l’analyse des protéines ou autres macromolécules organiques complexes, et ainsi, de développer des outils et des méthodes analytiques appropriés à chacune d’entre elles. Une première partie de mes recherches porte sur le développement de nouveaux outils préparatifs en protéomique. Ainsi, l’utilisation de complexes de ruthénium porteur d’un ester actif a permis l’obtention de coloration protéique de grande sensibilité; le développement de nouveaux gels d’électrophorèse incorporant des monomères d’acrylamide N,N’-dialkylés a facilité la séparation de protéines très hydrophobes. Un deuxième volet porte sur la mise en œuvre de la protéomique dans des domaines spécifiques. J’ai développé des nouvelles méthodes analytiques permettant pour la première fois d’identifier précisément les protéines et les triglycérides à partir de quelques microgrammes d’échantillons du patrimoine culturel (peintures, dorures ou polychromies anciennes; amphores ou lampes archéologiques; collab.: Metropolitan Museum of Art, New York; Courtauld Institute of Art, Londres, etc.) et, plus pertinemment d’en identifier les espèces animales d’origine. Appliqué à l’étude du plasma humain, l’impact des traitements d’inactivation des agents pathogènes a pu être mesuré pour la première fois au niveau moléculaire (collab. Etablissement Français du Sang Nord de France). La caractérisation structurale de protéines clés pour la transfusion sanguine a permis de mettre en évidence des modifications chimiques jusqu’alors jamais observées in vivo. Mes travaux de collaborations m’ont par ailleurs permis d’étudier des structures complexes (lipopeptides cycliques, lipooligosaccharides, protéines glycosylées/phosphorylées) ou d’identifier des protéines provenant d’espèces non séquencées comme le lin (Linum usitatissimum) ou le serpent (Bothrops jararaca). Cette dernière application fait partie d’un plus vaste projet initié en collaboration avec l’Institut Butantan (São Paulo, Brésil) ayant pour objectif la découverte et la compréhension des mécanismes anti-inflammatoires et de défense liés à l’immunité, d’application directe en recherche médicale. Mon projet propose le développement des techniques de séparations et de spectrométrie de masse pour l’analyse très haute résolution des protéines intactes sans étape d’hydrolyse préalable, technique dite de ‘protéomique top-down’ (complémentaire de l’approche ‘bottom-up’), permettant de s’affranchir des modifications induites par la manipulation/préparation de l’échantillon. Dans ce cadre, mes premiers développements ont permis d’identifier une activité de cytokines basée sur la présence d’un seul des ponts disulfures, établissant par cette seule analyse une pertinente relation structure-fonction pour cette protéine. Ce manuscrit décrit enfin une autre part de mon activité dédiée à la gestion de plateformes (Plateforme de Protéomique IBISA, TGE FT-ICR), à la gestion de projets académiques comme industriels (laboratoires publiques, centres hospitalo-universitaires, instituts, musées, laboratoires pharmaceutiques et biopharmaceutiques) ainsi qu’à la formation des étudiants. Pour ce dernier point, je me suis associée à l’équipe enseignante de chimie pour la création d’un nouveau Master introduisant une mention Chimie et Biologie dans laquelle j’assure la fonction de Directrice d’Etude de la Spécialité Bioanalytique du Master 2. Je pense faire évoluer cette spécialité vers la chimie verte et son application analytique telle que la métabolomique en adéquation avec les projets comme l’IEED IFMAS lié aux objectifs nationaux actuels dans le cadre des Investissements d’Avenir. Electronic Thesis or DissertationText fr application/pdf1 : 10 Kohttps://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/HDR/2012/50376-2012-255.pdf Tokarski Caroline 1900-01-01 FR 150614705 2012-01-01 Sciences physiques. Chimie analytique Université Lille1 - Sciences et Technologiesthesis.degree.grantor_1 026404184 HDR non ouiRolandoChristianintervenant_1070972451 ddc:540 RolandoChristianUniversité Lille1 - Sciences et Technologies ASCII PDF 9999 restriction 2012-01-01 9999-01-01 restriction 2012-01-01 9999-01-01