Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs Matrices score-position Bioinformatique Génome -- Structure -- Informatique -- Thèses et écrits académiques Gènes -- Localisation -- Informatique -- Thèses et écrits académiques Facteurs de transcription -- Localisation -- Modèles mathématiques -- Thèses et écrits académiques Recombinaison génétique -- Informatique Expression génique Opérons Matrices stochastiques Algorithmes 572.80113 Les génomes peuvent être vus de manière simplifiée comme des suites de gènes, objets codants pour la production de protéines. De la même manière que les caractères physiques des êtres vivants évoluent au cours du temps, les caractères physiques des génomes évoluent également. Il s'agit alors de comprendre cette évolution à travers l'organisation des gènes sur le génome. Le problème peut être abordé sous un angle dynamique où l'on retrace les événements ayant permis les modifications, ou sous un angle statique en observant la localisation et le regroupement des gènes. D'autres part, les gènes nécessitent pour s'exprimer - se transformer en protéine - d'être d'abord transcrits en ARN. Le mécanisme de contrôle de la transcription fait appel, entre autres, à des protéines qui viennent se fixer en amont du gène, sur l'ADN, en reconnaissant de courts motifs. Une tâche récurrente, précédant toute autre analyse, est de trouver les occurrences de ces motifs qui ont la particularité d'être courts et particulièrement dégénérés. Nous retraçons le travail réalisé autour de ces deux problématiques biologiques : l'évolution de la structure des génomes et la localisation des motifs de fixation. Les méthodes mises en oeuvre relèvent de l'algorithmique discrète sur les permutations pour la première partie et sur les mots pour la seconde. Text Electronic Thesis or Dissertation FR application/pdf 1 : 1476466 https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/HDR/2008/50376-2008-Varre.pdf Varré Jean-Stéphane 2008-01-01 Sciences mathématiques Université Lille1 - Sciences et Technologies thesis.degree.grantor_1 026404184 HDR non oui Touzet Hélène ddc:570 Université Lille1 - Sciences et Technologies PDF ASCII 1476466