Université de Lille Mise en place du diagnostic moléculaire des néphropathies héréditaires par séquençage à haut débit au CHU de Lille séquençage haut débit néphropathies diagnostic moléculaire 610 Rein -- Maladies Diagnostic moléculaire Thèses et écrits académiques Séquençage à haut débit Thèses et écrits académiques Rein -- Maladies Aspect génétique Thèses et écrits académiques Maladies du rein Dissertations universitaires Séquençage nucléotidique à haut débit Dissertations universitaires Anatomopathologie moléculaire Dissertations universitaires Maladies génétiques congénitales Dissertations universitaires Contexte : Les néphropathies héréditaires représentent plus des deux-tiers des causes de maladie rénale chronique de l’enfant et près de 10% chez l’adulte. L’étude moléculaire des gènes impliqués dans ces maladies est essentielle afin de proposer au patient et à sa famille une prise en charge médicale personnalisée et adaptée. L’objectif de ce travail était de mettre en place l’étude moléculaire des gènes impliqués dans les néphropathies héréditaires par séquençage à haut débit au CHU de Lille et d’en évaluer l’efficacité sur les premières analyses réalisées. Méthode : Nous avons mis en place un panel de 96 gènes connus pour être impliqués dans les néphropathies héréditaires. Le séquençage était effectué sur les plateformes MiSeq ou NextSeq d’Illumina en utilisant les préparations de librairies Haloplex. Pour l’analyse bio-informatique des données, nous avons utilisé le pipeline MiSeqReporter ainsi qu’un pipeline « maison » mis au point à partir d’outils académiques. L’interprétation des variants a été réalisée en suivant les recommandations de l’Association Nationale des Praticiens de Génétique Moléculaire. Les variations identifiées en séquençage à haut débit étaient ensuite vérifiées par une seconde technique. Résultats : Depuis la mise en place de cet examen en Juillet 2018 nous avons étudié 69 patients. Les indications d’examen les plus retrouvées étaient la suspicion de syndrome d’Alport ou les néphropathies kystiques. Parmi ces 69 patients, nous avons identifié une variation pathogène ou probablement pathogène chez 22 d’entre eux (32%). Tous nos patients présentaient une profondeur moyenne supérieure à 100x et un taux de couverture supérieur à 30x supérieur à 95%. Conclusion : Grâce à ce nouvel examen proposé au CHU de Lille, nous espérons pouvoir améliorer la prise en charge des patients suspectés de néphropathies héréditaires en apportant un diagnostic étiologique de certitude, qui permettra une prise en charge médicale personnalisée pour les patients et leur famille. Ce panel est amené à évoluer, en renforçant les zones insuffisamment couvertes, en améliorant la technique d’analyse et en adaptant la liste de gènes étudiés. ... Electronic Thesis or Dissertation Text StillImage fr application/pdf 1 : 0 Ko https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Medecine/2019/2019LILUM035.pdf Grunewald Olivier 1991-05-28 FR 236819321 1147 2019LILUM035 2019-03-01 Médecine. Biologie Médicale Université de Lille thesis.degree.grantor_1 223446556 Doctorat de médecine non oui Fajardy Isabelle intervenant_1 10253828X ddc:610 Fajardy Isabelle Université de Lille Université de Lille ASCII PDF 1