Note ABES De l'immunologie à l'optimisation des prises en charge dans les Maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin réfractaires Immunology to Therapeutic Optimization : Management of Refractory IBD Réfractaire Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin Immunologie Maladie de Crohn Rch Refractory Ibd Immunology Crohn's disease Ulcerative colitis Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin Immunologie Maladie de Crohn Immunologie Rectocolite hémorragique Immunologie Résistance aux médicaments Noeud lymphatique Immunité cellulaire Anticorps monoclonaux Maladies inflammatoires intestinales immunologie Maladie de Crohn immunologie Rectocolite hémorragique immunologie Cellules présentatrices d'antigène Noeuds lymphatiques Immunité innée Anticorps monoclonaux humanisés administration et posologie Ce travail de thèse s’inscrit dans le champ des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) réfractaires. Elle combine des apports originaux sur l’immunité innée dans les MICI et des données issues de la recherche clinique. La première partie de ce travail a eu pour objectif d’apporter des connaissances nouvelles sur l’immunité innée dans les MICI réfractaires et concerne une étude expérimentale réalisée dans les ganglions lymphatiques mésentériques. Cette étude, conduite sous la co-direction du Dr Chapuy (Montréal) a utilisé la technologie CITE-seq (Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing). Elle a permis de caractériser les populations de cellules immunitaires innées dans les ganglions mésentériques de patients atteints de MICI : phagocytes mononuclées (MNP), cellules NK et cellules lymphoïdes innées (ILC). Les échantillons ont été fournis parle laboratoire du Dr Marika Sarfati du CR-CHUM (Montréal). Les analyses ont été réalisées avec l’appui de la plateforme de bio-informatique de l’Hôpital Sainte-Justine (Montréal). Les résultats finaux ont conduit à une publication dans Inflammatory Bowel Diseases. Cette étude met en évidence des spécificités transcriptionnelles des cellules innées dans les ganglions mésentériques des patients atteints de MICI réfractaires. Elle contribue à mieux comprendre leur rôle dans la physiopathologie intestinale. La seconde partie de ma thèse illustre les enjeux cliniques de ma recherche. Un premier article a étudié l’évolution en parallèle de la destruction intestinale par l’étude du score de Lémann, et du handicap fonctionnel par l’Inflammatory Bowel Disease-Disability Index (IBD-DI), chez des patients atteints de maladie de Crohn. Ce travail a été publié en 2025. Un second article a porté sur l’efficacité de l’intensification de la dose du vedolizumab sous-cutané chez des patients atteints de MICI présentant une non-réponse ou une perte de réponse à la dose standard. Il s’agit d’une étude multicentrique du GETAID (OPTI-VEDO), acceptée récemment dans Journal of Crohn’s and Colitis. Ce travail de thèse illustre l’importance d’une approche multiple pour appréhender la complexité des MICI grâce à la complémentarité du décryptage des mécanismes cellulaires immunitaires, une meilleure description de leur évolution clinique et une optimisation de leur prise en charge thérapeutique. This work focuses on refractory inflammatory bowel diseases (IBD). This work combines original contributions on innate immunity in IBD with data derived from clinical research. The first part of this work aims to provide new insights into innate immunity in refractory IBD through an experimental study conducted in mesenteric lymph nodes. This study, carried out under the co-supervision of Dr. Chapuy (Montreal), used CITE-seq (Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing) technology to characterize innate immune cell populations in the mesenteric lymph nodes of IBD patients, including mononuclear phagocytes (MNP), NK cells, and innate lymphoid cells (ILC). The samples were provided by Dr. Marika Sarfati's laboratory at CR-CHUM (Montreal), and the analyses were supported by the bioinformatics platform at Sainte-Justine Hospital (Montreal). The final results led to a publication in Inflammatory Bowel Diseases. This study highlights transcriptional specificities of innate immune cells in mesenteric lymph nodes of patients with refractory IBD, contributing to a better understanding of their role in intestinal pathophysiology. The second part of the thesis illustrates the clinical dimension of this research. A first article investigated the parallel evolution of intestinal damage, assessed by the Lémann score, and functional disability, measured by the Inflammatory Bowel Disease-Disability Index (IBD-DI), in patients with Crohn's disease. This work was published in 2025. A second article evaluated the efficacy of subcutaneous vedolizumab dose intensification in IBD patients experiencing non-response or loss of response to the standard dose. This multicenter GETAID study (OPTI-VEDO) was recently accepted for publication in Journal of Crohn's and Colitis. Overall, this thesis underscores the importance of a multidimensional approach to address the complexity of IBD, combining the deciphering of immune cellular mechanisms, a better characterization of clinical disease progression, and the optimization of therapeutic management. Electronic Thesis or Dissertation Text Image fr en PDF 19975346 https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2025/2025ULILS030.pdf https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2025/2025ULILS030.pdf http://www.theses.fr/2025ULILS030/abes Single-Cell Transcriptomic Profile of Innate Cell Populations in Mesenteric Lymph Nodes of Inflammatory Bowel Disease Patients Pauline Wils Mohammad Reza Habibi Kavashkohie Fabiana Sélos Guerra Séverine Landais Manuel Rubio Heena Mehta Marika Sarfati Laurence Chapuy Oxford University Press en 2025 Text Changes Over Time in the Lémann Index and the Inflammatory Bowel Disease Disability Index in a Prospective Cohort of Patients With Crohn's Disease Laurine Cartier Apolline Loiez Maria Nachury Mustapha Azahaf Sofia Hambli Aurélie Blondeaux Romain Gérard Pierre Desreumaux Alexandre Louvet Pauline Wils Oxford University Press en 2025 Text Subcutaneous vedolizumab dose intensification in inflammatory bowel disease patients: the OPTI-VEDO multicenter study from the GETAID Pauline Wils Romain Altwegg Anthony Buisson Lucine Vuitton Stéphane Nancey Nicolas Richard Mathurin Fumery Guillaume Bouguen Lucas Guillo Benedicte Caron Nicolas Duveau Carmen Stefanescu Anne-Laure Pelletier Catherine Reenaers Cyrielle Gilletta Mathieu Uzzan Nadia Arab David Laharie Mathias Vidon Aurélien Amiot Catherine Le Berre Julien Kirchgesner Olivier Dewit Marion Simon Félix Goutorbe Eric Vicaut Laurent Peyrin-Biroulet Groupe d‘Etude Thérapeutique des Affections Inflammatoires du Tube Digestif (GETAID) Oxford University Press en 2025 Text Wils Pauline 1988-06-23 FR 19357554X 0999036769G 139939 https://theses.fr/2025ULILS030 2025ULILS030 https://doi.org/10.70675/9ad64e28z0652z431czac7az26bcf2921a43 2025-11-28 Recherche clinique, innovation technologique, santé publique Université de Lille (2022-....) 259265152 Doctorat Docteur es oui oui Dubuquoy Laurent MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 074573977 Bouguen Guillaume MADS_PRESIDENT_DU_JURY 129420271 Meuwis Marie-Alice MADS_RAPPORTEUR_1 275554910 Rahier Jean-François MADS_RAPPORTEUR_2 147381606 École doctorale Biologie-Santé MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 446 147705126 Institute for Translational Research in Inflammation (Lille) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 1286 259032255 Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_2 1031145 ddc:610 Dubuquoy Laurent Bouguen Guillaume Meuwis Marie-Alice Rahier Jean-François École doctorale Biologie-Santé Institute for Translational Research in Inflammation (Lille) Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 PDF 19975346 restriction 2025-11-28 2027-11-28 restriction 2025-11-28 2027-11-28