Note ABES Étude de l'he?te?roge?ne?ite? des clones mute?s FLT3 dans la leuce?mie aiguë mye?loi?de et implication dans la re?ponse au traitement Heterogeneity of FLT3 mutated clones in acute myeloid leukemia and implication in treatment response FLT3 Séquençage unicellulaire Leucémie aiguë myéloïde Chimiorésistance Inhibiteur de tyrosine kinase FLT3 Single-Cell sequencing Acute myeloid leukemia Chemoresistance Tyrosine kinase inhibitor Leucémie aigüe myéloïde Séquençage à haut débit Mutation (biologie) Inhibiteurs des tyrosine kinases Clones (biologie) Résistance aux médicaments Leucémie aigüe myéloïde Séquençage nucléotidique à haut débit Mutation Tyrosine kinase-3 de type fms Protein-tyrosine kinases antagonistes et inhibiteurs Clones cellulaires Résistance aux substances Les mutations de NPM1 et les mutations FLT3-ITD sont les plus fréquemment mises en évidence au diagnostic de leucémie aiguë myéloïde (LAM). Les LAM mutées NPM1 ont un pronostic globalement favorable. Toutefois, elles présentent des co-mutations et des phénotypes très hétérogènes, susceptibles d’influencer le pronostic ainsi que la réponse au traitement. Afin d’explorer le lien entre les mutations somatiques et la différenciation phénotypique, nous avons utilisé une plateforme de séquençage unicellulaire multi-omique chez 11 échantillons diagnostiques de LAM mutées NPM1. Notre analyse a mis en évidence des associations spécifiques entre les co-mutations et l’expression de protéines de surface. Même si ces associations étaient propres à chaque patient, elles ont permis l'enrichissement en sous-clones génétiques spécifiques par tri cellulaire et ouvrent ainsi la voie à la caractérisation fonctionnelle des clones génétiques minoritaires.Depuis 2017, les patients mutés FLT3 sont traités en première ligne par une association de chimiothérapie intensive (CTI) et de midostaurine (MIDO), un inhibiteur de FLT3. Bien que l’ajout de la MIDO ait permis d’améliorer la survie des patients, lestaux de rémission complète obtenus demeurent proches de 60-70% et les rechutes surviennent encore dans plus de 40% des cas. Afin d’identifier les mécanismes de résistance à l’oeuvre, nous avons réalisé une étude rétrospective et multicentrique incluant 150 patients en rechute ou réfractaires (R/R) présentant une mutation FLT3-ITD (n = 130) et/ou FLT3-TKD (n = 26) au diagnostic en analyse de fragments. Les patients ont été traités en première ligne soit par l’association CTI et MIDO (n = 54)soit uniquement par CTI (n = 96). Pour la première fois, nous avons étudié l’évolution des clones FLT3-ITD entre le diagnostic et le stade R/R à l’aide d’une approche de séquençage à haut débit permettant d’identifier les microclones FLT3-ITD (ratioallélique < 0,05). Nous avons démontré que l’ajout de MIDO à la CTI diminue le taux de persistance de la mutation FLT3-ITD au stade R/R. Chez les patients traités par CTI et MIDO, la présence de plusieurs clones FLT3-ITD au diagnostic était associée à une probabilité plus importante de conserver un statut FLT3-ITD positif au stade R/R.Au sein des deux groupes de traitement combinés, bien que seulement 24% des microclones FLT3-ITD aient été conservés à la rechute, 43% d’entre eux sont devenus des macroclones. Au total, ces résultats identifient des paramètres influençant l’évolution des clones FLT3-ITD et soulignent l’importance d’utiliser des techniques sensibles pour rechercher les mutations FLT3-ITD en pratique clinique. NPM1 and FLT3-ITD mutations are the most commonly detected at acute myeloid leukemia (AML) diagnosis.NPM1-mutated AMLs have a favorable outcome. However, they display highly heterogeneous co-mutations and phenotypes, which can influence both prognosis and response to treatment. To explore the link between somatic mutations and phenotypic differentiation, we used a multi-omics single-cell sequencing platform on 11 NPM1-mutated AML diagnostic samples. Our analysis revealed unique associations between co-mutations and surface protein expression. Although these associations were patient-specific, they allowed the enrichment of genetic subclones by cell sorting,paving the way for the functional characterization of minority genetic clones.Since 2017, FLT3-mutated patients have been treated in the first-line setting with a combination of intensive chemotherapy (ICT) and the FLT3-inhibitor midostaurin (MIDO). Although the addition of MIDO has improved overall survival, complete remission rates remain close to 60-70%, and relapses still occur in over 40% of cases.To identify the underlying mechanisms of resistance, we conducted a retrospective,multicenter study including 150 relapsed or refractory (R/R) patients harboring FLT3-ITD (n = 130) and/or FLT3-TKD (n = 26) at diagnosis as assessed by fragment analysis. Patients were treated in front-line with either ICT and MIDO (n = 54) or ICT alone (n = 96). For the first time, we examined the evolution of FLT3-ITD clones between diagnosis and R/R disease with a high-throughput sequencing approach allowing the detection of FLT3-ITD microclones (allelic ratio < 0.05). We demonstrated that the addition of MIDO to ICT reduced the FLT3-ITD persistence rate at R/R disease.In patients receiving ICT and MIDO, the presence of several FLT3-ITD clones at diagnosis was associated with a higher probability of retaining a positive FLT3-ITDstatus at R/R disease. Considering both treatment groups, if only 24% of FLT3-ITDmicroclones were retained at relapse, 43% of these became macroclones. Together,these results identify some parameters influencing the fitness of FLT3-ITD clones and highlight the importance of using sensitive techniques for FLT3-ITD screening inclinical practice. Electronic Thesis or Dissertation Text Image fr en PDF 9320806 https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/EDBSL/2025/2025ULILS001.pdf https://theses.hal.science/tel-04957169 https://theses.hal.science/tel-04957169 https://theses.hal.science/tel-04957169 https://theses.fr/2025ULILS001/abes https://theses.hal.science/tel-04957169 https://theses.hal.science/tel-04957169 https://theses.hal.science/tel-04957169 Place des outils moléculaires dans les leucémies aiguës myéloïdes en 2023 Romane Joudinaud Élise Fournier Augustin Boudry Elsevier Masson fr 2023 Text Hematopoietic differentiation at single-cell resolution in NPM1- mutated AML Matthieu Duchmann Romane Joudinaud Augustin Boudry Justine Pasanisi Giuseppe Di Feo Rathana Kim Maxime Bucci Clémentine Chauvel Laureen Chat Lise Larcher Kim Pacchiardi Stéphanie Mathis Emmanuel Raffoux Lionel Adès Céline Berthon Emmanuelle Clappier Christophe Roumier Alexandre Puissant Claude Preudhomme Nicolas Duployez Raphaël Itzykson Nature Pub. Group en 2022 Text Midostaurin shapes macroclonal and microclonal evolution of FLT3-mutated acute myeloid leukemia Romane Joudinaud Augustin Boudry Laurène Fenwarth Sandrine Geffroy Mikaël Salson Hervé Dombret Céline Berthon Arnaud Pigneux Delphine Lebon Pierre Peterlin Simon Bouzy Pascale Flandrin-Gresta Emmanuelle Tavernier Martin Carre Sylvie Tondeur Lamya Haddaoui Raphael Itzykson Sarah Bertoli Audrey Bidet Eric Delabesse Mathilde Hunault Christian Récher Claude Preudhomme Nicolas Duployez Pierre-Yves Dumas American Society of Hematology en 2025 Text Joudinaud Romane 1992-11-07 FR 283114371 0103002257A 134561 https://theses.fr/2025ULILS001 2025ULILS001 https://doi.org/10.70675/21f44e45z9450z423dz86f5zf2e04c832f5d 2025-01-27 Hématologie Université de Lille (2022-....) 259265152 Doctorat Docteur es oui oui Preudhomme Claude MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 07342255X Duployez Nicolas MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 172536154 Lapillonne Hélène MADS_PRESIDENT_DU_JURY 103524584 Eveillard Marion MADS_RAPPORTEUR_1 139213325 Pasquet Jean-Max MADS_RAPPORTEUR_2 143768794 École graduée Biologie-Santé (Lille ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 446 147705126 Hétérogénéité, plasticité et résistance aux thérapies des cancers (CANTHER) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 9020 249814935 Hétérogénéité, Plasticité et Résistance aux Thérapies des Cancers = Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_2 1004619 ddc:610 Preudhomme Claude Duployez Nicolas Lapillonne Hélène Eveillard Marion Pasquet Jean-Max École doctorale Biologie-Santé Hétérogénéité, plasticité et résistance aux thérapies des cancers (CANTHER) Hétérogénéité, Plasticité et Résistance aux Thérapies des Cancers = Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 PDF 9320806