• Langue : Français, Anglais
• Discipline : Recherche clinique, innovation technologique, santé publique
• Identifiant : 2024ULILS017
• Type de thèse : Doctorat
• Date de soutenance : 17/06/2024

Résumé en langue originale

Objectifs : Le projet CoVAPid visait à étudier l'impact de l'infection par SARS-CoV-2 sur l'épidémiologie des infections respiratoires bactériennes et fongiques chez les patients de réanimation sous ventilation mécanique (VM). Trois entités ont été analysées : les infections pulmonaires bactériennes précoces, les infections respiratoires bactériennes acquises sous VM (IAVM) - pneumonies (PAVM) et trachéobronchites (TAVM) - et les aspergilloses pulmonaires invasives (API). Les objectifs principaux étaient de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce entre les patients admis pour COVID-19 et pour grippe, de comparer l'incidence d'IAVM chez les patients admis pour COVID-19, grippe ou un autre motif qu'une pneumonie virale, de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce et l'incidence d'IAVM entre les patients de la 1ère et 2nde vagues pandémiques de COVID-19, de déterminer l'impact de la PAVM sur la mortalité des patients atteints de COVID-19, de déterminer l'impact de la corticothérapie sur l'incidence des PAVM chez les patients atteints de COVID-19, et de comparer l'incidence d'API chez les patients admis pour COVID-19 ou grippe.Méthodes : Cohorte multicentrique européenne observationnelle rétrospective impliquant 36 services de réanimation, incluant consécutivement des patients adultes sous VM pendant plus de 48h, répartis en quatre groupes selon leur motif d'admission: COVID-19 (1ère et 2nde vagues), grippe, et autres.Résultats : Au total, 2172 patients ont été inclus. La prévalence d'infection pulmonaire bactérienne dans les 48 heures suivant l'intubation était significativement inférieure chez les patients COVID-19 (9,7%) par rapport à ceux admis pour grippe (33,6% ; odds ratio (OR) ajusté 0,23 ; intervalle de confiance à 95% 0,16-0,33). L'incidence des IAVM était significativement plus élevée chez les patients COVID-19 (50,5%) comparée à ceux admis pour grippe (30,3% ; sub hazard ratio (sHR) ajusté 1,6 (1,26-2,04)) et sans infection virale (25,3% ; sHR ajusté 1,7 (1,20-2,39)), avec une incidence de PAVM significativement plus élevée dans le groupe COVID-19 par rapport aux deux autres groupes. La prévalence d'infection précoce a significativement augmenté entre la 1ère et la 2nde vague (9,7 vs 14,9%, OR ajusté 1,52 (1,04-2,22)), tout comme l'incidence des PAVM (36 vs 44,8% ; sHR ajusté 1,37 (1,12-1,66). La PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28 chez les patients COVID-19 (HR ajusté 1,65 (1,11-2,46)), ce qui n'était pas observé chez les patients admis pour grippe et sans infection virale. Cependant, aucune différence significative dans l'hétérogénéité de l'association entre PAVM et mortalité n'était constatée entre les trois groupes de l'étude. La relation entre la corticothérapie et l'incidence de PAVM n'était pas statistiquement significative (p=0,082 pour l'effet global), avec un risque de PAVM variant au cours du temps à partir de l'initiation du traitement. Enfin, l'incidence d'API putative (définie par l'algorithme AspICU) était significativement plus faible dans le groupe COVID-19 par rapport au groupe grippe (2,5% vs 6% ; HR cause-spécifique ajusté 3,29 (1,53-7,02). Conclusion : Le projet CoVAPid a mis en évidence une prévalence moindre d'infections pulmonaires bactériennes précoces chez les patients COVID-19 par rapport à ceux atteints de grippe, avec une augmentation significative entre la 1ère et la 2nde vague pandémique. L'incidence de PAVM était plus élevée chez les patients COVID-19, comparativement aux patients admis pour grippe ou sans infection virale à l'admission, et augmentait significativement entre la 1ère et la 2nde vague. Chez les patients COVID-19, la corticothérapie n'avait pas d'effet notable sur l'incidence des PAVM, et la survenue d'une PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28. L'incidence d'API était plus faible au cours de la COVID-19, en comparaison à la grippe.

Résumé traduit

Objectives: The CoVAPid project aimed to study the impact of SARS-CoV-2 infection on the epidemiology of bacterial and fungal respiratory infections in critically ill patients requiring mechanical ventilation (MV). Three entities were analyzed: early bacterial pulmonary infections, bacterial ventilator-associated lower respiratory tract infections (VA-LRTI) including ventilator-associated pneumonia (VAP) and ventilator-associated tracheobronchitis (VAT), and invasive pulmonary aspergillosis (IPA). The main objectives were to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection between patients admitted for COVID-19 and influenza, to compare the incidence of VA-LRTI among patients admitted for COVID-19, influenza, or other reasons than viral pneumonia, to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection and the incidence of VA-LRTI between patients from the 1st and 2nd pandemic waves of COVID-19, to determine the impact of VAP on mortality in patients with COVID-19, to assess the effect of corticosteroid therapy on the incidence of VAP in patients with COVID-19, and to compare the incidence of IPA between patients with COVID-19 and influenza. Methods: This was a retrospective observational multicenter European cohort involving 36 centers. Adult patients under MV for more than 48 hours were consecutively included and divided into four groups according to their ICU admission cause: COVID-19 (1st and 2nd wave, influenza, and others. Results: A total of 2172 patients were included. The prevalence of bacterial pulmonary infections within 48 hours following intubation was significantly lower in COVID-19 patients (9.7%) compared to those admitted for influenza (33.6%, adjusted odds ratio (OR) 0.23, 95% confidence interval 0.16-0.33). The incidence of VA-LRTI was significantly higher in COVID-19 patients (50.5%) compared to those admitted for influenza (30.3%, adjusted sub-hazard ratio (sHR) 1.6 (1.26-2.04)) and those without viral infection (25.3%, sHR 1.7 (1.20-2.39)), with a significantly higher incidence of VAP in the COVID-19 group compared to the other two groups. The prevalence of early infection significantly increased between the 1st and 2nd wave (9.7 vs 14.9%, adjusted OR 1.52 (1.04-2.22)), as did the incidence of VAP (36 vs 44.8%; adjusted sHR 1.37 (1.12-1.66)). VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality in COVID-19 patients (adjusted HR of 1.65 (1.11-2.46)), which was not observed in patients admitted for influenza and without viral infection. However, no significant difference in the heterogeneity of the association between VAP and mortality was observed among the three study groups. The relationship between corticosteroid exposure and the incidence of VAP was not statistically significant (p=0.082 for the overall effect), despite a varying risk of VAP over time since the initiation of treatment. Finally, the incidence of putative IPA (defined by the AspICU algorithm) was significantly lower in the COVID-19 group compared to the influenza group (2.5% vs 6%, cause-specific adjusted HR 3.29 (1.53-7.02)). Conclusion: The CoVAPid project highlighted a lower prevalence of early bacterial pulmonary infections in COVID-19 patients compared to those with influenza, with a significant increase between the 1st and 2nd pandemic wave. The incidence of VAP was higher in COVID-19 patients, compared to patients admitted for influenza or without viral infection at admission, and significantly increased between the 1st and 2nd wave. In COVID-19 patients, corticosteroid therapy had no significant effect on the incidence of VAP, and the occurrence of VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality. The incidence of IPA was lower among patients with COVID-19 than those with influenza.