Note ABES Dans un contexte d'une santé globale : apport des technologies moléculaires dans un modèle de production/sélection de semence animale In a One Health's context : contribution of molecular technologies in an animal semen selection and production model Santé globale One Health Molecular biology Microbiology Santé publique Santé animale Techniques artificielles de la reproduction Sélection artificielle Résistance aux antibiotiques Microbiologie moléculaire Génomique comparative Métagénomique Séquençage à haut débit Le concept d'une Santé Globale a émergé depuis le début des années 2000 en partant du principe qu'il existe une interdépendance entre les actions anthropiques et l'émergence de maladies à potentiel pandémique. Cette approche intégrée repose sur une démarche holistique établissant un continuum entre les pratiques liées à l'élevage d'animaux de rente, leur écosystème et les humains en relation plus ou moins étroite avec ces mêmes animaux.Les travaux présentés s'appuient sur la mobilisation, le développement d'outils moléculaires et analytiques s'attachant à sécuriser, optimiser une phase précoce de notre système alimentaire : la sélection et la reproduction animale. La production de semence animale et plus particulièrement, celle de verrat, a pour particularité d'être couramment produite et distribuée en frais. De ce fait, celle-ci est le plus souvent stabilisée, après dilution, par l'emploi d'antibiotiques. Un grand empirisme préside à l'élaboration des formulations d'antibiotiques utilisées dans ce contexte. Ce support en fait un modèle original pour l'étude de l'émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques.Prenant pour point de départ cette production à la base d'une filière agro-alimentaire, les travaux présentés auront pour objectif de démontrer comment les outils génomiques peuvent concourir à une meilleure appréhension de l'émergence de bactéries résistantes, et comment ils peuvent être invoqués pour apporter des solutions permettant d'amoindrir le risque de cette émergence. Une extension à d'autres contextes montrera dans quelle mesure ces approches permettraient une plus grande efficacité dans la prise en charge de cas d'infections humaines ou animales. Les travaux et le parcours proposés relatent, d'une part, des applications innovantes bâties sur les technologies génomiques en tentant d'établir, d'autre part, des passerelles et possibilités de transferts de méthodologies entre des applications liées à l'élevage et celles liées à la santé humaine. The Global Health concept emerged in the early 2000s, on the premise that there is an interrelationship between human actions and the emergence of diseases with pandemic potential. This integrative approach is based on a holistic process linking livestock farming practices, their ecosystems and humans in close or less close contact with these animals.The work presented here relies on the mobilization and development of molecular and analytical tools aimed at securing and optimizing an early phase of our food system: animal selection and reproduction. The production of animal semen, particularly boar semen, is characterized by its widespread fresh production and distribution. As a result, it is usually conditioned, upon dilution, through the use of antibiotics. Antibiotic formulations used in this context are developed empirically. As a result, it provides an original model for studying the emergence of antibiotic-resistant bacteria.Based on this production, which underpins the agri-food industry, the work presented will aim to demonstrate how genomic tools can contribute to a better understanding of the emergence of resistant bacteria, and how they can be applied to provide solutions to reduce the risk of such an emergence. An extension to other contexts will reveal the potential of these approaches to improve the effectiveness of human and animal infection management. The proposed work and itinerary relate, on the one hand, innovative applications built on genomic technologies and, on the other hand, attempt to establish bridges and opportunities for transferring methodologies between livestock and human health applications. Electronic Thesis or Dissertation Text fr en PDF 5888379 https://theses.fr/2023ULILS111/abes Le séquençage haut-débit Vers un diagnostic basé sur la séquence complète du génome de l’agent infectieux Christophe Audebert David Hot Yves Lemoine Ségolène Caboche fr 2014 Text High-Throughput Sequencing, a Versatile Weapon to Support Genome-Based Diagnosis in Infectious Diseases: Applications to Clinical Bacteriology Ségolène Caboche Christophe Audebert David Hot MDPI en 2014 Text Séquençage par nanopores Perspectives d’applications en santé humaine Christophe Audebert David Hot Ségolène Caboche fr 2018 Text Monitoring of four DNA extraction methods upstream of high-throughput sequencing of Anisakidae nematodes Y. Seesao C. Audebert V. Verrez-Bagnis S. Merlin M. Jérôme E. Viscogliosi E. Dei-Cas C.M. Aliouat-Denis M. Gay Elsevier en 2014 Text A review of methods for nematode identification Y. Seesao M. Gay S. Merlin E. Viscogliosi C.M. Aliouat-Denis C. Audebert Elsevier en 2016 Text MICRA: an automatic pipeline for fast characterization of microbial genomes from high-throughput sequencing data Ségolène Caboche Gaël Even Alexandre Loywick Christophe Audebert David Hot BioMed Central en 2017 Text Genetic basis for virulence differences of various Cryptosporidium parvum carcinogenic isolates Christophe Audebert Franck Bonardi Ségolène Caboche Karine Guyot Hélène Touzet Nausicaa Gantois Colette Creusy, Dionigia Melon Anthony Mouray Eric Viscogliosi Gabriela Certad Sadia Benamrouz-Vanneste Magali Chabé Nature research en 2020 Text Porcine bacteriospermia examined by high-throughput sequencing Gaël Even David Mottais Florianne Morien Minh Duc Pham Anaïs Ostergaard Sophie Martel Sophie Merlin Christophe Audebert Elsevier en 2020 Text Audebert Christophe Audebert 1978-06-27 FR 276724461 https://theses.fr/2023ULILS111 2023ULILS111 https://doi.org/10.70675/b22d65d6z4f99z4b98za833z1b1c56373287 2023-12-11 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Université de Lille (2022-....) 259265152 Doctorat Docteur es oui oui Hot David MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 190928417 Foligné Benoît MADS_PRESIDENT_DU_JURY 07355412X Standaert-Vitse Annie MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 104447435 Monchy Sébastien MADS_RAPPORTEUR_1 203642554 Midelet Graziella MADS_RAPPORTEUR_2 068446101 École graduée Biologie-Santé (Lille ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 147705126 PLBS - Plateformes Lilloises en Biologie & Santé MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 273679724 ddc:570 Hot David Foligné Benoît Standaert-Vitse Annie Monchy Sébastien Midelet Graziella École doctorale Biologie-Santé (Lille) PLBS - Plateformes Lilloises en Biologie & Santé PDF 5888379 confidentialité 2023-12-11 2028-01-01 confidentialité 2023-12-11 2028-01-01 confidentialité 2023-12-11 2028-01-01 confidentialité 2023-12-11 2028-01-01