Note ABES Analyses métagénomiques de l’écosystème microbien vaginal pour étudier sa spécificité et sa dynamique Metagenomic analyses of the vaginal microbial ecosystem to study its specificity and dynamics Type d’état communautaire 572.86 Vagin Microbiologie Métagénomique Microflore Écologie microbienne Lactobacilles PCR quantitative Dysbiose Cette étude est la première dans son genre en Algérie. Elle a pour principal objectif la mise en évidence de la particularité de l’écosystème microbien vaginal chez les femmes algériennes saines, en âge de procréer et ménopausées. Elle a été réalisée sur une centaine d’échantillons vaginaux fournis par le service de gynécologie d’un établissement hospitalier privé (Bejaia, Algérie). Pour chaque femme, un examen clinique, un prélèvement vaginal et un dosage d'oestradiol ont été effectués. La composition microbienne a été déterminée par une analyse métagénomique ciblée des régions V1-V3 de l'ADNr 16S (bactéries) et des ITS1-ITS2 de l’ADNr 5,8 S (levures). Les résultats du séquençage d'Illumina ont été confirmés par qPCR. Un profil spécifique de la composition et de la dynamique du microbiote des femmes algériennes interrogées a été établi en type d'état communautaire (CST) basé sur les espèces dominantes de Lactobacillus. La composition des levures vaginales a également été abordée pendant la vie fertile et la ménopause. Toutes les données concernant les paramètres physiologiques des femmes ont été exploitées afin de voir le lien possible entre ces derniers et la composition du microbiote ou du mycobiote vaginal. Aucune corrélation n’a pu être établie entre les fluctuations hormonales, l’indice de masse corporelle et la composition microbienne de cette niche. Connaître la composition des communautés vaginales stables en état homéostatique est devenu un objectif médical principal pour les femmes algériennes. Des probiotiques personnalisés ainsi que des analyses d'exposome personnalisées pourraient être proposés pour une meilleure prise en charge de la dysbiose vaginale ou de la gêne à la ménopause. This study is the first of its kind in Algeria. Its main objective is to highlight the particularity of the vaginal microbial ecosystem in healthy Algerian women of childbearing age and in the menopause. It was carried out on a hundred vaginal samples provided by the gynaecology department of a private hospital establishment (Bejaia, Algeria). For each woman, a clinical examination, a vaginal sampling and a quantification of oestradiol were performed. Microbial composition was determined by targeted metagenomic analysis of the V1-V3 regions of the 16S rDNA (bacteria) and STI1-STI2 of the 5.8S rDNA (yeasts). Illumina sequencing results were confirmed by qPCR. A specific profile of the composition and dynamics of the microbiota of the Algerian interviewed women was established in Community State Type (CST) based on the dominant Lactobacillus species. The composition of vaginal yeasts was also addressed during fertile life and menopause. All data concerning the physiological parameters of women were exploited to see the possible link between these and the composition of the vaginal microbiota or mycobiota. No correlation could be established between hormonal fluctuations, body mass index and the microbial composition of this niche. Knowing the composition of stable vaginal communities in a homeostatic state has become a primary medical objective for Algerian women. Personalised probiotics as well as personalised exposome analyses could be proposed for a better management of vaginal dysbiosis or menopausal discomfort. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 8130442 application/pdf https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/EDSMRE/2020/2020LILUR040.pdf https://theses.fr/2020LILUR040/abes Ouarabi Liza Ouarabi 1993-11-26 DZ 255600240 https://theses.fr/2020LILUR040 2020LILUR040 https://doi.org/10.70675/750fbfa0z233az4685zb2c4z614166782209 2020-12-10 Biotechnologies agroalimentaires, sciences de l'aliment, physiologie Université de Lille (2018-2021) 223446556 Université Abderrahmane Mira - Bejaïa (Bejaïa, Algérie) MADS_ETABLISSEMENT_DE_COTUTELLE_1 131642863 Doctorat Docteur es non oui Lucau-Danila Anca MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 188173153 Drider Djamel MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 113929730 Bendali Farida MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_3 255599099 Bendali Farida MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 255599099 École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Lille ; 1992-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 148937330 Institut Charles Viollette MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 189544864 ddc:570 Université Abderrahmane Mira - Bejaïa (Bejaïa, Algérie) Lucau-Danila Anca Drider Djamel Bendali Farida Bendali Farida École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Villeneuve d'Ascq, Nord) Institut régional de recherche Charles Viollette PDF 8130442