Note ABES Décryptage du microbiote et des risques chimiques et microbiologiques associés à la chaine alimentaire des larves de la daurade royale Sparus aurata Decryption of the microbiota and the chemical and microbiological risks associated with the larval food chain of the sea bream "Sparus aurata" Bacillus pumilus 664.024 Daurade royale Larves Alimentation Microbiologie Chaînes alimentaires Calanoïdes Teneur en métaux lourds Métaux lourds Bioaccumulation Peptides non-ribosomiques Antibiotiques peptidiques Vibrio Staphylocoques Indicateurs biologiques Probiotiques L’objectif de ce travail est d’évaluer les risques chimiques et microbiologiques de la chaîne alimentaire des larves de dorade royale en milieu aquacole, nous avons déterminé les concentrations létales (LC50) du Cadmium (Cd), du Cuivre (Cu) et du Nickel (Ni) chez le copépode calanoïde Eurytemora affinis. Nous avons ensuite quantifié, par voie d’entrée dissoute de ces métaux seuls et en mélange, la bioaccumulation dans ces organismes. Le copépode E. affinis accumule le Cd, le Cu et le Ni et par conséquent pourraient être utilisé comme indicateur biologique dans des études de biosurveillance pour l'évaluation des risques environnementaux. L’étude de la diversité microbienne de la chaine trophique (l’eau de mer, les microalgues et les copépodes) des larves de dorade a conduit à l’isolement de 434 isolats bactériens dont 246 ont été positivement identifiés par MALDI-TOF-MS. Parmi les espèces identifiées, Vibrio anguillarum, V. alginolyticus, Bacillus cereus, Pseudomanas anguilliseptica, P. putida, Staphylococcus epidermidis et S. hominis sont des pathogènes des poissons. Cependant, cinq souches non pathogènes de B. pumilus (nommées 18 COPS, 35A COPS, 35R COPS, 38 COPS et 40A COPS) montrent une activité antagoniste contre certaines souches pathogènes précédemment citées. La souche B. pumilus 35R COPS produit deux classes de composés antimicrobiens de type peptides non-ribosomaux : des surfactines mais aussi les amicoumacines A et B et les phosphoamicoumacines A et B identifiées et caractérisées par MALDI-TOF-MS et HPLC-MS/MS. La souche B. pumilus 38 COPS, quant-à-elle, produit également des membres de la famille des surfactines mais surtout une bactériocine appartenant à la famille de la circularine A/uberolysine. L’analyse in silico, des génomes de ces souches révèle la présence de clusters de gènes codant pour les surfactines et les amicoumacines et un gène ribosomique codant une bactériocine appartenant à la famille de la circularine A/uberolysine. This work aimed at evaluating the chemical and microbiological risks associated with the larval food chain from seabream. Therefore, we have determined the lethal concentrations (LC50) of Cadmium (Cd), Copper (Cu) and Nickel (Ni) in Eurytemora affinis calanoid copepods. Then, we then quantified, through the dissolved entry way of these metals either alone or in combination. The E. affinis copepods appeared to accumulate Cd, Cu and Ni and therefof could be used in the bio-monitoring studies for assessing the environmental risks. The microbial diversity study undertaken on the trophic chain (seawater, microalgae and copepods) of seabream larvae permitted isolation of 434 bacterial isolates, and 246 isolates were positively identified by MALDI-TOF-MS technology. The bacterial species identified included notably Vibrio anguillarum, V. alginolyticus, Bacillus cereus Pseudomanas anguilliseptica, P. putida, Staphylococcus epidermidis and S. hominis, which are considered as fish pathogens. On the other hand, five non-pathogenic strains included Bacillus pumilus as strains 18 COPS, 35A COPS, 35R COPS, 38 COPS and 40A COPS, which displayed antagonistic activities against towards some pathogenic species. To be noted that antagonistic strain B. pumilus strain 35R COPS is able to produce two non-ribosomal antimicrobial peptides (NRPS), which are: surfactins and amicoumacins A and B and phosphoamicoumacins A and B based on MALDI-TOF-MS and HPLC-MS/MS data. Moreover, B. pumilus 38 COPS was characetrized as antagonistic strain producing neverthemless, a surfactine (NRPS family) and concomitantly a bacteriocin belonging to the circularin A/uberolysin family. The in silico analyses of their genomes revealed the presence of gene clusters coding for the surfactin- and amicoumacin-families and a ribosomal gene encoding a bacteriocin belonging to the circularin A/uberolysin bacteriocin family. Electronic Thesis or Dissertation Text fr en PDF 5222314 application/pdf https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/EDSMRE/2018/50376-2018-Zidour.pdf https://theses.fr/2018LILUR029/abes Zidour Mahammed Zidour 1971-01-31 DZ 233561250 https://theses.fr/2018LILUR029 2018LILUR029 https://doi.org/10.70675/b34b0afbz2465z482az9666zaaadad6e360b 2018-09-14 Ingénierie des Fonctions Biologiques Université de Lille (2018-2021) 223446556 Doctorat Docteur es non oui Flahaut Christophe MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 061055832 Grard Thierry MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 121314545 Cudennec Benoit MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_3 199734674 Souissi Sami MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_4 115234888 École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Lille ; 1992-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 148937330 Institut Charles Viollette MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 189544864 ddc:660 Flahaut Christophe Grard Thierry Cudennec Benoit Souissi Sami École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Villeneuve d'Ascq, Nord) Institut régional de recherche Charles Viollette PDF 5222314