Note ABES Caractérisation du mycobiome intestinal et fécal chez les patients atteints de maladie de Crohn, et leurs parents sains du premier degré Characterization of the faecal mycobiome in familial Crohn's disease Maladie de Crohn Microbiotes Candida albicans Biofilms Mycobiotes Crohn's disease Microbiota Mycobiome Maladie de Crohn Candida albicans Dissertation universitaire Candida albicans Dissertation universitaire Microflore Biofilms Maladie de Crohn Dissertation universitaire Microbiote Dissertation universitaire Mycobiome Dissertation universitaire Biofilms Dissertation universitaire Introduction : La maladie de Crohn (MC), maladie inflammatoire chronique intestinale, est une maladie multifactorielle, d’origine inconnue. La dysbiose bactérienne a été largement évoquée dans la pathogénèse de la MC. Notre objectif était de caractériser la flore fongique, conjointement à la flore bactérienne au cours de formes familiales de MC.Méthodes: Nous avons utilisé une plateforme de séquençage à haut débit pour caractériser la flore fongique et bactérienne fécale, échantillonnée dans 9 familles multiplexes atteints de MC (20 patients, et 28 sujets sains apparentés), et 4 familles contrôles (21 individus sains non apparentés). Une analyse bioinformatique a été réalisée pour analyser l’abondance, la biodiversité, et les interactions microbiennes.Résultats : Le microbiote fécal des membres issus des familles multiplexes était statistiquement différent de celui des membres issus des familles contrôles. L’analyse en composantes principales a montré qu’au sein des familles multiplexes, les membres malades et sains partageaient un répertoire fongique commun. Les patients MC avaient en revanche un microbiote enrichi en Candida tropicalis, Escherichia coli et en Serratia marcescens, et appauvri en bactéries dites bénéfiques (Faecalibacterium prausnitzii). De plus les taux d’ASCA (Anticorps anti- S. cerevisiae), marqueur sérologique de MC étaient corrélées à la présence de C. tropicalis (P = .01). Enfin nous avons mis en évidence une synergie entre C. tropicalis, E. coli, et S. marcescens, suggérant une interaction microbienne in vivo participant à l’initiation de l’inflammation intestinale. Ces données ont été validées par la suite avec un modèle de biofilm.Conclusion : Dans ces formes familiales de MC, les interactions microbiennes entre bactéries et champignons sont déterminantes dans l’initiation de la réponse inflammatoire. Introduction: Crohn's disease (CD) results from a complex interplay between host genetic factors and endogenous microbial communities.Methods: In the current study, we used Ion Torrent sequencing to characterize the gut bacterial microbiota (bacteriome) and fungal community (mycobiome) in patients with CD and their non-diseased first degree relatives (NCDR) in 9 familial clusters living in Northern France/Belgium, and in healthy individuals from 4 families living in the same area (non-CD unrelated, NCDU). Principal components analysis, diversity, and abundance analyses were conducted and CD-associated inter- and intra-kingdom microbial correlations determined. Significant microbial interactions were identified and validated using single- and mixed-species biofilms.Results: CD and NCDR groups clustered together in the mycobiome, but not in bacteriome. Microbiota of familial (CD, NCDR) samples were distinct from that of non-familial (NCDU) samples. Abundance of Serratia marcescens (SM), Escherichia coli (EC) was elevated in CD patients, while that of beneficial bacteria was decreased. Abundance of the fungus Candida tropicalis (CT) was significantly higher in CD compared to NCDR (P = .003), and positively correlated with levels of anti–Saccharomyces cerevisiae antibody (ASCA). Abundance of CT was positively correlated with SM and EC, suggesting these organisms interact in the gut. The mass and thickness of Triple species (CT+SM+EC) biofilm were significantly higher than single and double species biofilm. CT biofilms comprised of blastospores, while double and triple species biofilms were enriched in hyphae. SM used fimbriae to co-aggregate or attach with CT/EC, while EC closely apposed with CT. Conclusion: Specific inter-kingdom microbial interactions may be key determinants in CD. Electronic Thesis or Dissertation Text Image fr PDF 8973412 https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/EDBSL/2016/2016LIL2S033.pdf https://theses.hal.science/tel-01534878 https://theses.hal.science/tel-01534878 https://theses.hal.science/tel-01534878 https://theses.fr/2016LIL2S033/abes https://theses.hal.science/tel-01534878 https://theses.hal.science/tel-01534878 https://theses.hal.science/tel-01534878 Hoarau Gautier 1983-09-18 FR 164443584 https://theses.fr/2016LIL2S033 2016LIL2S033 https://doi.org/10.70675/e9f53910z38f7z4905z9394z2fb4d8c24f3f 2016-11-30 Parasitologie et mycologie Lille 2 026404389 Doctorat Docteur es non oui Sendid Boualem MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 073461369 Beghin Laurent MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 111915023 Beghin Laurent MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 111915023 École graduée Biologie-Santé (Lille ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 147705126 Lille Inflammation Research International Center (Lille) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 189549009 Inflammation: mécanismes et régulation et interactions avec la nutrition et les candidoses MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_2 106139 ddc:610 Sendid Boualem Beghin Laurent Beghin Laurent École doctorale Biologie-Santé (Lille) Lille Inflammation Research International Center (Lille) Inflammation: mécanismes et régulation et interactions avec la nutrition et les candidoses PDF 8973412