• Langue : Anglais
• Discipline : Ingénierie des Fonctions Biologiques
• Identifiant : 2016LIL10136
• Type de thèse : Doctorat
• Date de soutenance : 10/11/2016

Résumé en langue originale

Quatre-vingt-un isolats de levures et soixante-dix isolats de bactéries lactiques ont été obtenus à partir de matières fécales de volaille et d’enfants, respectivement. Le typage moléculaire de ces levures par la technique de GTG5-rep PCR a donné 22 groupes mais leur identification par des méthodes biochimiques (système ID-32C), et moléculaires (séquençage de l'espace intergénique ITS1-5.8-ITS2) ont abouti à l'identification de Debaryomyces hansenii (téléomorphe de Candida famata). Le criblage de l'activité antagoniste a permis de mettre en évidence l'activité anti-Listeria de la C. famata Y.5; une souche ayant aussi d'autres propriétés probiotiques. Concernant les bactéries lactiques, nous avons mis en évidence l'antagonisme de deux souches, appelées Enterococcus faecalis B3 et B20. Cet antagonisme est attribué à la production de substances extracellulaires de nature protéique "bactériocines". Les souches sont actives contre Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus dont S. aureus résistant à la méthicilline, Clostridium perfringens et Salmonella Newport. La bactériocine produite par la souche B3, appelée entérocine B3A-B3B, a été purifiée par RP-HPLC. Elle est composée de deux peptides dont les masses moléculaires prédites sont de 5,176.31 Da (B3A) et 5,182.21 Da (B3B). Outre son activité sur des souches de L; monocytogenes cultivées en mode planctonique, l’entérocine B3A-B3B présente une activité anti-biofilm sur ce pathogène alimentaire cultivé sur des lames en acier inoxydable. Le séquençage du génome d’E. faecalis B3 et sa comparaison à ceux des souches cliniques et d'une souche probiotique a permis d'établir des rapprochements génétiques. Toutefois, la souche B3 présente plusieurs caractéristiques favorables à son application comme probiotique.

Résumé traduit

Eighty-one yeasts and seventy lactic acid bacteria (LAB) isolates were selected from fecal samples of poultry and human origins, respectively. The yeast strains were clustered into 22 groups by GTG5-rep PCR, and then identified as Debaryomyces hansenii (Candida famata) species using the biochemical ID-32C system and molecular sequencing of 26S rDNA and ITS1-5.8-ITS2 rDNA. Only one yeast strain, designated as C. famata Y.5, exhibited antimicrobial activity against Listeria innocua. Further characterization of this anti-Listeria strain, permitted to unveil its probiotic potential. Regarding LAB isolates, two of them were active against Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, methicillin-resistant S. aureus (MRSA), Clostridium perfringens, and Salmonella Newport. The identification of these antagonistic LAB strains as achieved by biochemical, MALDI-TOF-MS, and molecular methods concluded to Enterococcus faecalis B3 and B20. Bacteriocin produced by strain B3, designed as enterocin B3A-B3B, was purified by RP-HPLC, and its predicted molecular mass was 5,176.31 Da (B3A) and 5,182.21 Da (B3B). Notably, B3A-B3B hampered the biofilm installation of L. monocytogenes on stainless steel slides. The sequenced whole genome of E. faecalis B3 was compared to those of clinical and probiotic E. faecalis strains. B3 strain resulted to be sensitive to most antibiotics tested, non-cytotoxic, non-hemolytic, and devoid of inflammatory effects. Moreover, it showed remarkable hydrophobicity, auto-aggregation, adhesion to Caco-2 cells, viability in simulated GIT conditions, and cholesterol assimilation. These features together introduce the E. faecalis B3 strain as a probiotic candidate.